该片改编自同名漫画，主人公花垣武道（北村匠海 饰）因被推下月台意外穿越到10年前，他为了拯救被“东京卍会”杀害的女友，决定向该不良组织发起挑战。
某个工业地带陆陆续续出现怪兽？！弦人队长率领SKaRD进行迎击，打倒了接二连三的怪兽。SKaRD认为此事与该地带在进行怪兽残骸处理和研究的先进化学企业「尼克罗玛斯公司」有某种关系，SKaRD便急行前往该公司的最高运营者、同时也是世界屈指可数的化学研究者的马布塞博士那里进行调查。 尼克罗玛斯公司的研究所正在开发能够实现与生命根源相关的长生不老物质「达姆特辛」，据说即将完成。在这样的情况下，突然出现了自称「宇宙霸者」的神秘宇宙人「达姆诺星人」！并且，从被破坏的容器中泄露出来的达姆特辛物质吞噬了研究所的怪兽样本，诞生了可怕的巨大怪兽——妖骸魔兽贡吉尔冈。现在，以日本的首都为舞台，布莱泽奥特曼以及SKaRD与大怪兽壮烈的大碰撞帷幕即将拉开！
六年前，拥有绝世本领的焰众忍者虎影（斋藤工 饰）与月影（芳贺优里亚 饰）坠入爱河，后者更怀上了虎影的孩子。然而焰众首领东云幻斋（椎名英姬 饰）绝不允许手下有这种叛逆之举，于是对二人进行严刑拷打。在遭受了残酷的折磨后，虎影夫妇一路逃亡，最终在某个偏远山村落脚，和他们的儿子孤月过着与世无争的平凡生活。这一日，东云派出忍者前往耶严藩偷窃金银秘卷，谁知却遭遇对方殊死抵抗，最终只拿到了银卷。为了得到金卷，东云找到虎影夫妇，并且绑架了二人的儿子来要挟他们潜入耶严城。 为了营救最爱的孩子，夫妇俩只得再入血雨腥风的江湖，投身于连绵不断的忍者大战之中……