八国联军入京，朝廷出奔，举国局势一度混乱。黄飞鸿（赵文卓 饰）与父亲黄麒英（刘询 饰）、十四姨（王静莹 饰）、徒弟梁宽（莫少聪 饰）、鬼脚七（熊欣欣 饰）一行人南下番禹，欲与十三姨（关之琳 饰）、猪肉荣（郑则仕 饰）、牙擦苏（郭晋安 饰）汇合。师徒于路同担心海盗夺粮的南粤米仓发生误会，两帮人不打不相识，黄飞鸿助其将盗米贼扭送衙门，惊觉盗米竟是差役领班谢四（张铁林 饰）指使。原来南海海盗趁局势混乱，活动频繁，使番禹一地早无官员统制，差役不得已靠偷盗维持口粮。黄飞鸿有感谢四等人忠义，遂放弃赴港计划，与当地海盗单眼英、张玉麟、张保仔等人展开连场搏杀…… 本片是徐克执导黄飞鸿系列的第五部。
年仅十岁的富绅小少爷“大丈夫”（郝勇 饰）生性顽皮，不服管教。为使其收心敛性，父母替他娶了一个二十多岁的媳妇（张小燕 饰）。媳妇武艺高强，管教甚严，这可苦坏了散漫惯的大丈夫，遂找准机会，逃离家门。 时逢清朝末年，国家动荡不安，朝廷腐败，烽烟四起。天地会以“反清复明”为宗旨，带领起义民众反抗清朝的高压统治。后因内奸告密，总舵遭到突袭，兄弟死伤无数。总舵主之子在黄婆婆的护送下藏匿江边小城。大丈夫偶然机会救下黄婆婆，从此立志加入天地会，永不回家。谁想朝廷派出大内高手，一路追杀天地会遗孤，黄婆婆更被高手所害。失去庇护的孩子们手足无措，命运多舛……
唐保家是一名英俊正直的平民青年，迫于家长压力和残酷的现实，与心爱的女子路遥私奔，却不料因此被抓了起来，被判极ddd。当朝奸佞魏忠贤正在组织自己的锦衣卫队伍，看上了死牢中的唐保家，唐保家因此获得重生，被赐名“唐斩”，成为了魏忠贤手下一名心狠手辣的杀手。唐斩屡立“功勋”，魏忠贤大为赞赏。树大招风，他却因此遭到另一名杀手宋中的嫉恨。唐斩因为一次杀人行动中，偶尔看见了曾经心爱的路遥，冥冥中导致行动失败告终，而他也为此走上了逃亡之路，魏忠贤的追杀和宋中的穷追不舍令唐斩一再陷入绝路。然而，唐斩却因此渐渐找回以前那个善良正直的自己，并和路遥重新开始了幸福的生活。身边危机四伏的唐斩开始了漫长的自救之路。
飞刀镖局局主李元霸二十岁手创飞刀镖局，历四十年而从未失过一镖，在武林中声名赫赫，但他为人脾气爆躁，即使对亲生儿子李寻欢（王杰 饰）也疾言厉色，李寻欢只有终日借酒浇仇，混迹于风月场所，酒后与雪儿（黎姿 饰）发生关系，结果雪儿怀孕，李寻欢遂迎娶雪儿为妻。婚后的李寻欢仍然整天酗酒，把雪儿冷落在家里，甚至雪儿生产那天也不在家中，雪儿寂寞难耐，在一次外出时偶遇住在附近的朝鲜富商金雾寒，雪儿内心深处爱上了这个朝鲜人。
白莲教徒接下满清大臣纳兰元述（甄子丹）所下的对付革命党人的命令后，在广州街头借“扶清灭洋”的口号大肆捣乱洋人的使馆、教堂等地盘，甚至连小学生也不放过，他们的举动令黄飞鸿（李连杰）、十三姨（关之琳）与梁宽（莫少聪）异常气愤。 在某个医学会议上，黄飞鸿与革命党领袖孙文（张铁林）一见如故，发现革命党人对救国更具远见时，他决定帮助革命党人逃过厄运。随后，他直捣白莲教总坛决胜九宫真人，揭开迷信假像，又因奋慨国运衰竭民智末开，不惜与纳兰元述决一死战。
振远镖局的八十万两黄金无故被劫，六扇门总捕头金九龄（凌云 饰）请来了陆小凤（刘永 饰），希望他能够协助自己破案。拿着大盗留下的红缎罗帕，陆小凤和薛冰（井莉 饰）前往京城，在那里遇见了司空摘星（艾飞 饰），两人不打不相识。之后，陆小凤孤身一人来到栖霞庵，他发现在那里修养的南王府总管江重威的妹妹江青霞竟然穿了一双和大盗一模一样的红鞋。 就这样，一个名为“红鞋子”的神秘组织渐渐露出了庐山真面目，而此组织的首领，正是擅长易容术的公孙大娘（陈曼娜 饰）。当陆小凤擒获了公孙大娘之后，金九龄却在醉酒之时无意说出了自己的阴谋，原来这一切都系金九龄所为。
方中信、李赛凤、吕少玲是天使组织的成员，在一次圆满任务完成后，在马来西亚之旅中巧遇好友陈庭威，却没想到陈庭威阴谋反动、自组军队，而天使组织此次任务即是陈庭威，然而面对一个生死之交，李赛凤等人下得了手吗
巨丰财务有限公司的创办人离世，其子马铁生接手公司，把高利贷生意越做越大。警察情报科对于巨丰财务以高年息放债一事早已记录在案，奈何一直未有实质证据，无法作出拘捕行动。 情报科主管因病离世，警方高层张Sir将跟进巨丰财务的重任交予重案组主管黄一聪处理。黄一聪在处理情报科主管的遗物时，发现情报科曾派出一名卧底混入巨丰财务搜集罪证。另一方面，马铁生不择手段阻止警方调查，甚至不惜迫害巨丰的老臣子华叔……
武师陈厚德（元华 饰）远赴美国开设宝芝林，时常召唤国内的徒弟阿杰（李连杰 饰）来美国帮衬，但阿杰担忧在美的居留问题，迟迟未到。陈厚德曾经收下一名美国弟子尊尼（杰瑞•特林伯 饰），尊尼学成后却挑战师傅，意欲扬名立万扩张自己的武馆，陈厚德被尊尼打成重伤，宝芝林也被砸烂，幸好有少女安娜路过，将陈厚德救走。几乎同时，阿杰终于来美探望师傅，岂料一出机场便遭遇各种麻烦，先是莫名其妙收下三名落魄墨西哥少年为弟子，又与查封宝芝林的银行地产部经理阿美（郭锦恩 饰）不吵不相识。阿杰因语言不通，守候宝芝林寻找师傅下落，而尊尼也在四处打探陈厚德的去向，一中一外两名弟子，将为义与利的不同追求狭路相逢……