第二次世界大战前夕，一名普通的陆军士兵（龟梨和也 饰）因帮助同伴而殴打长官，随后被军事法庭判处死刑。关键时刻，名叫结城（伊势谷友介 饰）的神秘男子突然出现，并将之吸纳进专门培养间谍的秘密部门——D机关。历经层层考验，青年终于得到第一项任务。不久前某犹太科学家遭到暗杀，而他记载着最新式武器设计图的黑色笔记据说落入美国大使埃内斯特·格雷厄姆（Richard Moss 饰）手中。青年化名嘉藤次郎来到了被称为魔都的城市，伺机盗出笔记。与此同时，英、苏、德等国的特工也闻风而动，顶峰的间谍大战即将展开…… 本片根据柳广司的同名系列小说改编。
愁云密布的20世纪中叶，出身日本普通家庭的杉原千亩（唐泽寿明 饰）凭借卓越的语言天赋和情报分析能力进入日本外务省，并被外派到伪满洲国外交部工作。他在工作中出色彰显了自身的实力，也被苏联方面判定为“不被欢迎之人”。在1939年，杉原千亩赴任立陶宛的大使馆，随时监视着欧洲大国的动向。未过多久，德国悍然向波兰发动闪电袭击，破坏力巨大且深远的第二次世界大战旋即拉开序幕。由于残酷的种族清洗，成千上万犹太人沦为难民。他们扶老携幼，寻找一切可能而微茫的求生机会。最终他们涌向日本驻立陶宛大使馆，乞求杉原千亩发放过境签证逃亡。 迫于和德国的同盟关系，日本方面拒绝难民的请求。站在国家利益和人性的交界处，杉原千亩做出了重大的决定……