本集SP为《神探伽利略》系列的第0章，以TV版汤川学与内海熏相遇前三年的一起案件为主线。三年前的一天深夜，某海岛小屋发生了一起密室杀人案。被害人在反锁的屋内被锐物刺穿胸背，所在小屋亦被烧毁。已为警察的草薙俊平（北村一辉 饰）回到母校帝都大学，邀请12年不见的老同学汤川学 （福山雅治 饰）协助破案。汤川一行来到案发现场附近，一边享受海滩风光一边寻找案件线索。随着杀人案侦破工作的推进，只为还原案件物理原理的汤川逐步逼近着案件的真相，只是此时的他尚未意识到，人心亦是一门科学…… 片中亦穿插了一段汤川与草薙的往事。在海风的吹拂下，草薙向汤川的学生塩野谷（长泽雅美 饰）讲述了一起令他与年少汤川（三浦春马 饰）在大二结缘的案件…… SP根据该系列小说中《操纵》与《坠落》两篇故事改编，与剧场版《嫌疑人X的献身》同天推出。
少女藤木美奈斗（堀北真希 饰）有一个无话不谈的笔友奈特（意为“骑士”），生活中发生的大小事她都与之倾诉。在士多店打工的美奈这天遇见了男生唐泽秀（石田卓也 饰）并一见钟情。阿秀热爱摄影，却迫于医学家族的压力一直努力考取大学医学专业，两度落榜的他还在苦闷地奋斗中。阿斗将自己的倾心告诉奈特，却被奈特反对。然而阿斗这次仍然听取了自己的心意，向阿秀表白。 在二人交往的过程中，阿斗发现自己会突然消失记忆，甚至手机中存储的阿秀的照片以及号码都会不见。困惑的她怕被阿秀嫌弃，一直保守着这个秘密。随着失忆的情况发生次数越来越多，阿斗鼓励她去他父亲的医院检查。检查结果出来后，阿斗却提出了分手。 伤心的阿秀接受了这个结局，她渴望这时能见到奈特，得到奈特真人的慰藉。然而无论她如何苦等，奈特也没有出现，直到这晚，她得到一串钥匙，当她启开秘密的大门，惊讶地发现了奈特是谁。
大家面前的优等生，性格冷酷的神秘系高中生神山树（本乡奏多 饰）内心却是一个不折不扣的GOTH。GOTH，意指对人性中的黑暗面感兴趣，愈禁忌愈想要探寻。可这样的性格只深埋于内心中，无人知晓。直到树邂逅了同班女生森野夜（高梨临 饰）——这个一眼就看破树内心的GOTH女。二人可谓一拍即合，两颗向往黑暗的心越来越靠向彼此。某天，因为在咖啡店捡到了一本记载了众多离奇杀人事件的笔记本，树和夜开始了探寻真相的旅程。他们甚至不惜冒着危险前往现场，而被揭晓的真相除了事件还有森野的过去…… 改编自著名小说家乙一的同名作品，《断章事件》是其中的一个短篇。
古畑任三郎如今早已是人们耳熟能详的名侦探，他独特的中山装，永远骑着自行车的个人风格为人所津津乐道。这次SP就带我们回到他的青少年时光，看看他与一生中最重要的人相遇的故事，那是他侦探人生的起点。 15岁的任三郎（山田凉介 饰）因为父母关系转学到小山区，喜爱读推理小说的他并未太主动与同学接触。一日学校的小花圃的花被人恶意践踏，任三郎找出了“元凶”，从此他小侦探的声名不胫而走。任三郎索性在后山一间空置的房屋内办起了侦探事务所。可惜前来上门的客人拜托的都是鸡毛蒜皮的小事。直到一日，有人上门拜托寻找失落的宝藏，事情才有了变化。 但是随着侦查的过程，任三郎意识到自己身边开始有危险，而一切似乎都是一个局。自己平日最不信任的人在关键时刻却救了自己。