小职员阿池（黄又南 饰）于凌晨坐上了一辆由九龙旺角开网新界大埔的红色小巴士，车上有司机肥雪（林雪 饰）、义气大叔黄万发（任达华 饰）、神婆（惠英红 饰）、IT男阿信（徐天佑 饰）以及美女Yuki（文咏珊 饰）、吸毒佬（李灿森 饰）等17人。原本平静的夜晚，在小巴穿过狮子山隧道后突然被打破，众人发现除了车上的乘客，全香港的居民仿佛都消失了，一系列的神秘事件接踵而至，大家惊恐之余决定打造统一阵线，以解救自己开启谜团。
阿桑（罗仲谦 饰）受雇于好友特伦斯，表面看来，阿桑对特伦斯忠心耿耿，然而内心里，阿桑一直爱慕着好友的妻子朱莉安娜（曾佩瑜 饰），并且在机缘巧合之下获得了同她共处一室亲密接触的机会，谁知到隔天就被朱莉安娜出卖。 毕霍普（郑中基 饰）一直疑心妻子和他人有染，甚至假扮成客房服务员，偷偷追随妻子的行踪。格温（蔡颖恩 饰）即将和男友步入婚姻的殿堂，可是，就在这个节骨眼上，格温却听信预言家（林德信 饰）所言，当了一回落跑新娘，只为了寻找真爱。几个毫无关联的人，几段毫无干系的事，最终被预言家牵连到了同一点上，牵扯出了一宗年代久远的公厕谋杀案件。
从警十七年之久的王伟业（吴彦祖 饰），因为童年和家庭的原因，内心极度不安的他同时秉持着绝对的正义感，以致于其待人接物过程中矫枉过正，与同事交流多有不畅。在驻守急诊室的某个夜晚，伟业为某个急需稀有血型的重伤患者输血，谁知对方是作恶多端的银行抢劫团伙鬼王党的头目韩江（张家辉 饰）。伟业因此受到同事的谴责，而不久后韩江还偷偷溜走，旋即率领同伙犯下滔天大案，伟业的同事更在交火中火焚而亡。人在做，天在看，彪悍跋扈的韩江也从没想过自己会被欲望无情吞噬。另一方面，伟业的精神状况愈加令人堪忧，他拒绝接受心理辅导，宛如鬼魅一般执着地追踪韩江的同伙。 他见证着背叛与杀戮，也坐视内心强大信念的轰然垮塌……
從大陸來港讀書的易遙，住進一棟唐樓，抵港第三天，她就發現門口躺著一具男性屍體。鄰居疏離冷漠，同住的室友尚未到港，易遙孤立無援，只有剛買回家的金魚作伴。她置身陌生環境，儘管飢腸轆轆，卻不敢出門，甚至開始疑神疑鬼，作出一個又一個叫人驚訝的舉動。
本片讲述了香港新界围村陆氏家族在房产开发交易黑幕后的故事。故事开始于村民罗永就（古天乐 饰）醉酒撞死了异姓兄弟陆永远（钱嘉乐 饰），陆永远之妻月华（周迅 饰）从此与他势不两立。罗永就5年后出狱，发现陆氏家族大家长陆瀚涛（曾江 饰）和其女陆永瑜（叶璇 饰），以及女婿（黄磊 饰）已经坐拥新界最大房产公司，而陆家兄弟陆金强（刘青云 饰）、陆永富（方中信 饰）等人则疯狂扩张势力。不久香港房产巨鳄邀请罗永就“共商大事”。同时，神秘人阿祖（吴彦祖 饰）透露给月华一个通过窃听得到的秘密消息，他告诉月华要想在这场欺天阴谋中复仇，就必须按照他的指示去做…… 于是几方势力都开始暗自行动。 本片是《窃听风云》系列的第三部，但是除了“窃听”这一核心创意外，故事内容与前两部无关。