明朝末年，民不聊生，义军揭竿而起。白山县因数年前‘东林党’之争，而蒙上一层神秘诡异的面纱。当初消失的罪证横空出世，使得白头军，锦衣卫，官府三方势力纷纷入局。何氏兄弟生性呆愣，生活清贫，因戴有书写翰林二字的木牌，被几方势力盯上。兄弟俩无意间救下了白头军首领的女儿丁白，后者女扮男装希望从兄弟二人身上找到线索。另一方面，十二肖卫不断来袭，衙门里的县官和师爷也心怀叵测，麻烦接踵而至，事情仿佛越来越复杂......
武当弃徒戴阎王（李截 Jason Scott Lee 饰）为抢夺青冥古剑夜袭铁小贝勒府，俞秀莲（杨紫琼 饰）重出江湖，携手旧友孟思昭（甄子丹 饰）保护宝剑，被蒙蔽的魏方（岑勇康 Harry Shum Jr. 饰）助纣为虐，雪瓶（刘承羽 Natasha Liu Bordizzo 饰）告知魏方其身世之谜。一场江湖混战，众人力擒戴阎王，保护宝剑周全。 影片改编自王度庐小说《铁骑银瓶》。
唐僧从昏迷中醒来，发现自己被书生、妓女和捕头误解为杀死客栈老板的凶手而被捆绑在店内，通过三人的推理和猜忌，唐僧终于记起了之前发生的经过，殉情未遂的师兄师妹、携妻穷游的江湖郎中均是被自己所杀，而客栈老板的死因确是为练铁头功自己撞墙而亡。推理中铺头发现除了犯人之外，其余几人均是同年同月同日生，整个事件看起来似乎更加扑朔迷离。而之前被铺头抓来一直绑在客栈柴房、屡次逃脱未遂的犯人原来是小白龙，因背负2位数的连环杀人案被逮捕，一心修佛向善只为取经的唐僧和小白龙为何会沦为杀人狂师徒档？荒村客栈背后隐藏的恐怖谜团要如何解开？
影片《除妖传》加入网络流行元素以外，更是怀揣致敬经典之心，以87版聊斋为故事背景，大话西游的演绎形式，配上倩女幽魂式的人物设定，基于经典的同时升华影片的整个内容，彰显致敬经典的情怀。