明治维新运动后十二年，日本迎来了新时代。曾经叱咤风云的刽子手绯村剑心如今已成为和平主义者，与朋友们一起在东京过着平静的生活。一天晚上，剑心最喜欢的餐厅遭到炮火袭击，只留下一张写着“人诛”的字条——有人准备替天行道，审判之日近在眼前。此人名为雪代缘，对剑心怀恨在心，带着一众手下前来复仇。目睹无数无辜之人被牵扯进这场残酷的斗争，剑心终将面临一场审判，并由此找到对过去的救赎。
性格热心又重视家人的「五十岚一辉」，在家族经营的「幸福澡堂」捡到了一个装有老旧票券的失物。他将失物拿去送还给失主「百濑秀夫」的路上，突然遭遇强敌袭击！一辉和寄宿在体内的恶魔「拜斯(VICE)」一起变身成「假面骑士REVICE」，和赶来助阵，并可以变身为「假面骑士圣刃(SABER)」的小说家「神山飞羽真」一起联手抗敌，但还是陷入了苦战。没料到身份成谜的「假面骑士CENTURY」，不知为何从未来的2071年回到现在，并突然攻击了他们，使得一辉跟飞羽真只能暂时撤退…。「假面骑士CENTURY」究竟是何方神圣？为什么要袭击同样是假面骑士的他们？握有整个故事关键的神秘研究员「百濑龙之介」，将向众人揭开假面骑士史上最大的秘密！