国际安全局的王尚恩（安志杰 饰）率万飞（周杰伦 饰）等部下远赴约旦，押送制造天花病毒变体的科学家肯纳，岂料王尚恩叛变将肯纳劫走，万飞头部受重伤，他同队中的心上人也在这次任务中身亡。三个月后，王尚恩等人研制的病毒造成一艘货船上的人们尽数死亡，而他此时准备贩卖疫苗谋取暴利；万飞在医院中被告知头部的子弹无法取出，神经受损导致他两周后会有生命危险，万母向其透露他有一个失散多年的哥哥。为了完成母亲心愿，万飞前往吉隆坡寻找哥哥万阳（谢霆锋 饰）。飞机上与万飞同行的简博士恰巧是王尚恩一伙准备用来替换肯纳的病毒专家，简博士被王尚恩派出的万阳劫持，万飞出手相救。因为分属不同阵营，兄弟只得拳脚相见……
重案组布网围剿国际毒枭，突然杀出一组蒙面悍匪“黑吃黑”，更冷血屠杀众警察。重案组督察张崇邦（甄子丹 饰）亲睹战友被杀，深入追查发现，悍匪首领竟是昔日战友邱刚敖（谢霆锋 饰）。原来敖也曾是警队明日之星，而将敖推向罪恶深渊的人，却正是邦。宿命令二人再次纠缠，一切恩怨张崇邦如何作出了断……